，如曾國藩、李鴻章、左宗棠等，這些人組織起了地方武裝，如湘軍、淮軍和楚勇，成為鎮壓內亂的主要力量。

依靠這些地方武裝，清廷在短時間內鎮壓了太平天國、捻軍等大規模的農民起義，並平定了雲南、貴州、陝西、甘肅等地的苗民和回民起義。這一系列的勝利不僅穩定了國內局勢，還為清廷贏得了寶貴的喘息時間。

在對外政策上，慈禧採取了較為務實的態度。她支援洋務派提出的“自強”和“求富”方針，積極引進西方的軍事技術和工業技術，創辦了一批新式的軍事工業和民用企業，如江南製造總局、福州船政局等。這些舉措不僅增強了清朝的軍事實力，也在一定程度上推動了中國的工業化程序。

然而，慈禧同時也支援頑固派對洋務派的牽制，以防止任何一方力量過大而威脅到她的統治。這種平衡策略在短期內有效地維護了清廷的穩定，但也限制了改革的深度和廣度。總之，慈禧、慈安與奕?三人合作期間所取得的政績，被時人譽為“同治中興”。

叔嫂鬥爭

隨著慈禧地位的鞏固，她與奕?之間的矛盾逐漸加劇。同治四年（1865年）發生的“蔡壽祺事件”揭開了兩人權力鬥爭的序幕。

當年三月四日，翰林編修蔡壽祺上疏彈劾奕?，指責他貪汙、驕傲、攬權、徇私，並建議他歸政朝廷，退居藩邸，另選賢能議政。蔡壽祺的奏摺提交後，慈禧並未立即處理，而是將其“留中”處理。當奕?朝見時，慈禧告知他有人彈劾，並將摺子給他看。奕?詢問是誰所為，慈禧告知是蔡壽祺。奕?隨即表示蔡壽祺不是好人，並要求將其逮捕審訊。慈禧與慈安對此非常憤怒，當日便召見大學士周祖培等人，打算以重罪處置奕?。然而，諸臣請求先查明事實再定罪。

隨後，大學士倭仁、周祖培等在內閣討論，並召蔡壽祺前來供述。最終，在三月初七日，他們上奏認為蔡壽祺的指控缺乏實據，並暗示奕?若能嚴格自律，就不會屢遭非議。慈禧接到這一模稜兩可的覆議後，立即召見了他們，並交給他們一份措辭嚴厲的硃諭，指責奕?自議政以來妄自尊大、目無君上，甚至暗中離間他人。慈禧諭令革去奕?的一切職務，並要求眾臣執行。

這一決定引起了眾多親王和大臣的反對。惇親王奕誴上書慈禧，認為奕?並無明顯劣跡，僅在語言上有所不檢，建議慎重處理。慈禧隨即召見了孚郡王奕譓及軍機大臣文祥等人，指示他們召集王公大臣及翰詹科道在內閣會議，討論此事。會議前，慈禧態度反覆，先是表示對奕?仍有信心，後又嚴厲批評奕?，要求諸臣“為我平治之”。

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會議當天，眾臣因慈禧前後不一的態度而困惑，無法達成一致意見。醇郡王奕譞急忙從東陵趕回北京，上疏為奕?求情，請求慈禧寬恕他過去的錯誤，給他改正的機會。慈禧將此奏摺也發交王大臣會議。會議中，倭仁起草了一份否定奕譞意見的疏稿，但肅親王隆懃等人支援奕譞，導致倭仁不得不多次修改疏稿。最終，軍機大臣支援倭仁的意見，而禮親王世鐸及其他王公大臣則支援肅王的意見。

由於群臣意見分歧嚴重，慈禧意識到如果不妥善處理，不僅會遭到內部反對，還可能引起外國干涉。因此，她在三月十六日釋出上諭，部分恢復了奕?的職務，但仍不允許他進入軍機處。然而，群臣仍對此不滿，慈禧只好在四月十四日允許奕?重新擔任軍機大臣，但議政王的名號不再恢復。

這一事件不僅削弱了奕?的權力，還加深了慈禧與其他朝臣之間的裂痕。慈禧在處理政務時，常常依賴太監傳達資訊，其中最著名的便是安德海。同治八年（1869年），安德海違反祖制擅自出宮遊玩，並在山東被巡撫丁寶楨扣留。慈禧對此驚慌失措，而慈安則召集奕?等人商議，決定將其就地正法。慈禧雖