乾隆三十四年（1769年），清朝軍隊開始對緬甸用兵。為了增強周邊國家的支援，清廷命令李侍堯向暹羅（今泰國）傳達檄文。當時暹羅正處於動盪之中，由甘恩敕控制。李侍堯認為在這種情況下不宜直接向暹羅傳遞檄文，而是決定採用更為靈活的手段，私下裡向暹羅各部落首領傳達資訊，要求他們秘密偵查緬甸的軍情，並鼓勵他們進入緬甸捉拿緬王。然而，這一策略並未得到乾隆帝的認可，李侍堯的行動也因此未能取得預期的效果。

與此同時，豐順地區出現了一位名叫朱阿姜的亂民頭目，他密謀發動叛亂。李侍堯得知情況後，立即派遣人員前去抓捕，及時阻止了一場潛在的動亂。這一行動展示了李侍堯在處理地方事務上的果斷和高效。

乾隆三十八年（1773年），李侍堯被授予武英殿大學士的高位，但仍留在兩廣總督的職位上。這一年，安南（今越南）發生了內亂，清廷命令廣西的鎮守和道員加強防禦，以防內亂波及清朝邊境。李侍堯在這一過程中發揮了重要的協調作用，確保了邊境的安全。

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乾隆四十年（1775年），廣東地區出現多起民眾結黨起事的情況，兵部對此展開調查，並追究武官的失職責任。李侍堯認為，如果過度追究武官的責任，可能會導致他們畏首畏尾，反而不利於維護社會穩定。他上奏乾隆帝，建議慎重處理武官的責任問題，以免造成更大的隱患。乾隆帝認同了李侍堯的觀點，並下詔嘉獎他的忠心和辦事能力。

乾隆四十二年（1777年），李侍堯被任命為雲貴總督，負責處理與緬甸相關的事務。他在處理“緬甸遣越州民入關為諜案”時表現出色，得到了乾隆帝的高度讚賞。這一時期，李侍堯的仕途達到了一個新的高峰。

乾隆四十三年（1778年），緬甸再次派遣騰越州的民眾潛入清朝境內從事間諜活動，李侍堯迅速採取行動，將間諜抓獲並送往京城。隨後，他建議在永昌和普洱等地增派兵力，加強邊境防禦。雖然乾隆帝最初對此表示懷疑，但在李侍堯堅持下，最終同意了在杉木隴設立大汛，並調派騰越計程車兵五百人前往駐守。同時，在千崖設立小汛，調派南甸計程車兵二百人駐守，並分兵把守虎踞、銅壁等重要關卡。這些措施大大增強了西南邊境的安全。

然而，好景不長，乾隆四十五年（1780年），雲南糧儲道海寧向朝廷舉報李侍堯貪縱營私。乾隆帝命尚書和珅、侍郎喀寧阿調查此事。在調查過程中，李侍堯承認了自己確實存在賄賂下屬的行為。乾隆帝對此極為憤怒，下令將李侍堯逮捕回京，並奪去了他的官職。和珅等人上奏建議判處李侍堯斬監候，並剝奪其爵位，改授給其弟李奉堯。隨後，大學士九卿商議後，建議改為斬立決。乾隆帝出於寬恕之心，再次下旨要求各部門商議。最終，李侍堯被改為斬監侯。

四、平定回民起義

乾隆四十六年（1781年），甘肅撒拉爾回人蘇四十三領導了一次大規模的起義。面對這一嚴峻形勢，乾隆帝派遣大學士阿桂前往甘肅視察，並特旨授予李侍堯三品頂戴和孔雀翎，命其前往甘肅管理軍事。當時，甘肅冒賑案暴露，總督勒爾謹因此被治罪，乾隆帝任命李侍堯代理總督職務，負責平息此次起義。

李侍堯到任後，迅速投入到了平定起義的工作中。他不僅在軍事上採取了有效的措施，還在行政管理上展現出卓越的才能。乾隆四十七年（1782年），李侍堯上奏朝廷，請求允許從現任總督以下各級官員的養廉銀中扣除部分款項，用於彌補皋蘭等州、縣所欠的錢糧。乾隆帝考慮到實際情況，最終決定豁免這筆債務。此外，李侍堯還請求豁免當地民眾拖欠的三十萬兩稅銀，以減輕百姓負擔，穩定民心。這一系列舉措得到了乾隆帝的認可和支援，他也因此被加封為太子太保銜，並獲得現任品級頂戴