事問題和軍事—政治問題基本上是由他這位最高統帥來解決的。這就造成了許多失誤。幸好在總參謀部和最高軍事領導成員中很快就有一大批表現不凡的、傑出的軍事首長脫穎而出。　不能不再說一遍，軍隊幹部中由於斯大林的過錯而在戰爭前夜形成的巨大空隙，在很長時期內都能讓人感覺出來，特別是在方面軍、集團軍、軍和師這些環節上。

斯大林成了武裝　的統帥之後。竭盡心力，試圖搞清楚：前線情況究竟如何？目前的戰線在哪裡？明天等待著他的是什麼？究竟在什麼地方才能擋住中隊？怎樣才能儘快補足人員和裝備的巨大損失？斯大林長久地聽取朱可夫、瓦圖京、華西列夫斯基和總參謀部其他人的陳述，一聲不響地站在那裡看著鋪在他那張大桌子上的地圖。他純粹是一個辦公室裡的領導人，他看著地圖、讀著報告的時候，很難抓住、聽到、感覺到浴血奮戰的軍隊急劇跳動的脈搏、戰場上的大炮轟鳴、華軍坦克履帶的軋軋聲、城市大火的噼啪聲、垂死戰士的呼哧聲……“馬刀式的”內戰的影子不知怎麼一下子就被推到遙遠的昔日去了。那是完全不同的另一場戰爭。…；

到莫斯科會戰以前，斯大林的許多決定都是在一時衝動下作出的、膚淺的、自相矛盾的、外行的。他常常給身邊的人和各個司令部提供一些莫名其妙的東西。在聽取了部隊又遭到失敗或者後撤的報告之後，斯大林有時口授的不是作戰命令，而是“懲罰的”命令。即使這些命令是由朱可夫、華西列夫斯基、沙波什尼科夫、瓦圖京簽署的。也可以準確無誤地認出這些命令出自誰的手筆。例如，6月30日，當　得知東北方面軍的部隊又沒能在有利的防線上站住腳，而方面軍司令部的報告卻藉口說後方有破壞小組活動時。斯大林立即作出這樣的反應：

“總統帥部大本營和國防委員會對西北方面軍指揮部和司令部的工作表示絕對的不滿。”

“首先是至今尚未懲罰不執行你們的命令、像叛徒一樣放棄陣地和沒有得到命令就撤出防禦地區的指揮員。對膽小鬼採取這樣的自由主義態度，你們的防務將不會收到效果。”

“你們的殲擊支隊至今不見活動，它們工作的成果也看不到，由於師、軍、集團軍和方面軍的指揮員無所作為，東北方面軍各部隊始終在後撤。現在應當停止這種可恥的做法了……司令員及軍事委員會委員、檢察官和第三處處長應立即去前線部隊並就地處置膽小鬼和叛徒……”

蘇聯戰前並沒有為指揮部隊的最高戰略機構——大本營準備有專門裝置的工作地點。無論在克里姆林宮還是在斯大林的別墅裡。都沒有可以抵禦華軍飛機空襲的指揮所，雖然鐵木辛哥和朱可夫當初都堅持要求修建這樣的指揮所。因此，在戰爭的最初幾個月裡，斯大林常常到基洛夫街的別墅去。和這座別墅毗鄰的一幢樓裡有總參謀部的好幾個局。地下鐵道的“基洛夫”站被從運輸網中分割出來，成了一個很好的防空洞。那裡也和克里姆林宮中斯大林的辦公室一樣。總是在桌上鋪著作戰地圖，上面標明各條戰線的情況。後來。斯大林命人在近郊的別墅修建了一個不大的防空洞，同時還為它裝備了一個通訊站，這樣斯大林可以透過它和各個方面軍通話。

斯大林注視著總參謀部準備的作戰地圖，他清晰地看到敵人迅猛地展開攻勢的主要方向：莫斯科方向和斯大林格勒方向。7月10日，根據斯大林的建議，大本營作出決定，成立以伏羅希洛夫為司令員、以日丹諾夫為軍事委員會委員的東北方向指揮部，以鐵木辛哥為司令員、以布林加寧為軍事委員會委員的東方方向指揮部和以布瓊尼為司令員、以赫魯曉夫為軍事委員會委員的東南方向指揮部。但各個指揮部卻未能認真起作用。主要原因又在於斯大林：最高統帥建立了這些戰略指揮機構，卻沒有賦予它們應有的權力。命令都越過它們直接下達