戰艦無多，乃與駱秉章協商，督率船砲局各員，盡力籌謀，水師復振。湖南紳局所制船械，交至營中者，大小戰船凡三百餘艘，火藥四十餘萬斤，砲子一百四十萬斤，其餘各械鹹備，請優詔獎之。水師重在砲位，廣東運到洋砲二百尊，續運六百尊，配置各師船，自武、漢至九江，所向克捷。惟長江水戰，上下游形勢不同，武、漢以上，利用輕便戰船，潯、皖以下，江面漸廣，利用鉅艦，秋冬風勁宜鉅艦，春夏宜小艇，船砲之大小，宜因時因地而損益之。請令兩廣督臣，續購大小洋砲，自四百斤至一千五百斤，凡八百尊，盡易舊式砲位，以利東征。八年，以天津原設水師，道光間，先後裁撤，乃籌復設，以重海防。令福建、廣東疆吏，各抽調大號戰艦，備齊砲械，由海道駛赴天津，設水師三千人。十年，令清淮籌防局籌款，為防湖水師常年經費，增設淮揚水師營，以保兩淮鹽場，兼佐陸軍。蕪湖孤懸水中，令曾國籓籌設寧國水師，以攻蕪湖，為克金陵之本。增設太湖水師，為克蘇州之本。

同治二年，諭沿海督臣舉水師將才。又令曾國籓所部內江水師，都興阿所部揚防水師，有勝外海水師之任者，各舉以聞。四年，在山東省仿長江戰船之式，造長龍、舢板船，於黃河水性駕駛合宜。以水師泊黃、運二河，防堵逸寇，必須分段扼守，而地勢綿長，不敷調遣。復由山東增造長龍船，並增舢板船十艘，以武職大員督領巡防。五年，改造江南海口之紅單廣艇三十艘，合原有廣艇凡四十艘，分防海口。六年，整頓福建臺灣海防，增置龍艚等船。

七年，曾國籓議改水師之制，以江南水師，向分外海、內河二支，外海水師六千七百七十六名，武員一百十八人，內河水師八千二十一名，武員一百三十三人。船數則近稽道光二十四年江南舊例，水師船二百七十五艘，朽壞居多，別造舢板船一百三十五艘，大膞船十二艘，約計各船不過載兵二千數百人，而額定之兵數，尚有萬餘人。徒費餉項，有水師之名，無舟楫之實，宜大為變通，講求實際。江蘇水師，其營制餉章，悉仿長江水師之例，外海之紅單廣艇，亦略增其餉，與李鴻章、丁日昌諸臣協力籌辦，期於外防與內盜並謀，舊制與新章兼顧。俟章程既定，沿海福建、廣東各省水師，均可酌改行之。

八年，部臣定議，從曾國籓所陳，改江蘇水師為內洋、外海、裡河三大支，以資控御。裡河水師，以原設提標右營，太湖左營、右營及增設淞北、淞南二營為五營，隸提督統轄。舢板船每營船數不等，一律興修，不得缺額。所有太湖七營，改為裡河五營，其裁員歸併提標序補。馬新貽等續議，九江水師營改城守營，設陸汛四處。鄱陽營改陸汛二處。洞庭水師營改龍陽城守營。嶽州水師營酌留水兵，隸陸路管轄。荊州水師營酌留弁兵有差。九年，諭定安等以寧靈各軍，運餉艱難，增造砲船，由黃河運送。所有大小戰船三十二艘，編為一營，設統帶等官。

十年，沈葆楨以外海兵船製成，應簡知兵大員督率操練。尋以福建水師提督李成謀為兵船統領。是年，曾國籓以江南水師章程初議十四條，嗣由馬新貽等增為二十五條，乃刪減歸併定為二十一條。外海六營，以次巡哨。內洋五營，分定汛界。裡河五營，分定汛界。淞南營