書年代、內容異同、版本優劣進行考證，將考證成果以另紙粘於該書每卷之末。同時，還仿漢朝劉向、劉歆校書之舊例，為每書撰寫提要一篇，於其中敘作者之時代、爵裡、本人事蹟以及內容得失，並根據該書之價值，預擬出應刻、應抄、應存目三種意見，一併交總纂官審定修改；此後再由總裁官奏聞，候旨決定。經皇帝同意後，其中價值尋常，或內容有與儒家經典相悖謬者僅入《四庫全書總目》；其他應刊、應抄的兩種書籍皆交繕書處，組織人員按既定規格進行抄錄，錄入《四庫全書》。其中價值較高、世間罕傳者，除繕寫外，還由武英殿修書處以《武英殿聚珍版叢書》為名刊印行世，以廣流傳。

四庫全書館開館之初，根據皇帝旨意，所編書籍不過是《四庫全書》和《四庫全書總目》二種，然而，隨著修書計劃愈益龐大，增纂書籍越來越多。於是決定增纂《四庫全書薈要》，於《四庫全書》中“擷其精華，繕為《薈要》”，兩書互相補充，並行於世。該書於乾隆四十三年首先告成，共抄兩部。乾隆三十九年，皇帝又決定編修《四庫全書簡明目錄》：“篇目不繁而檢查較易，俾學者由書目而尋提要，由提要而得全書，嘉與海內之士，考鏡源流。”於乾隆四十七年成書，為學者瞭解十八世紀以前各種主要著述的大致情況提供了方便。

乾隆四十一年九月，皇帝又特命將“所有諸書校訂各簽，並著該總裁等另為編次，與《總目提要》一體付聚珍版排列流傳”，該書遂以《四庫全書考證》為名行世。全書一百卷，對於學者校訂各種古籍，有著一定的參考價值。

始修《四庫全書》時，諭令將《四庫全書》抄錄四套，分別庋藏於紫禁城、圓明園、熱河避暑山莊和盛京故宮四處。隨著《四庫全書》纂修活動的全面開展，為滿足社會需要，乾隆四十二年八月，皇帝決定另繕一套副本貯於翰林院，“既可備耽書之人入署就閱，而傳佈詞林，亦為玉堂增一佳話”。乾隆四十七年七月，在北四閣四套《四庫全書》陸續告竣之時，皇帝以江浙為“人文淵藪”之地，為了方便當地士子“就近觀摩謄錄”，又命再行繕寫三套《四庫全書》，分貯於揚州、鎮江和杭州三地。因而擴大了《四庫全書》的影響面，使其成為西漢以來政府組織的歷次文化活動中最有意義的一次文化活動。（35）

值得注意的是，《四庫全書》對涉及西學的書籍收錄頗豐，選取原則主要取決於其實用性，並增廣博異聞之效。《四庫全書總目》卷首凡例中寫道：“外國之作，前史罕載，然既歸王化，即屬外臣，不必分疆絕界。”（36）其中包括有艾儒略《職方外紀》，南懷仁《坤輿圖說》，徐日升與德理格合著的《律呂正義續編》，徐光啟《農政全書》，熊三拔《泰西水法》，《表度說》，《簡平儀說》，利瑪竇《乾坤體義》，陽瑪諾《天問略》，利瑪竇口譯徐光啟筆錄《測量異同》、《測量法義》、《勾股義》、《幾何原本》，龍華民，湯若望等多人編撰《新法算書》，戴進賢、劉松齡等多人著成的《御定儀象考成》，戴進賢、徐懋德及明安圖等人所著《御定曆象考成後編》，利瑪竇口授李之藻撰《圜容較義》、《同文算指》，李之藻撰《渾蓋通憲圖說》，穆尼閣、薛鳳《天步真原》、《天學會通》，鄧玉函《奇器圖說》，王徵《諸器圖說》等二十三種。

除了《四庫全書》外，在《四庫全書存目》裡也收錄�