和程朱理學中的一些內容先後成為皇權進一步加強的絆腳石。這樣，在經過百年之久的全盛時期後，理學名臣和程朱理學都遭到了冷遇。

乾隆初年，最高統治集團主要是由標榜理學的雍正舊臣所組成，然而，久而久之，皇帝感到，“講學之人，有誠有偽，誠者不可多得，而偽者託於道德性命之說，欺世盜名，漸啟標榜門戶之害”。這樣，不少廷臣因為涉嫌黨爭和標榜理學，先後遭到了皇帝的斥逐和疏遠。

皇帝整治朋黨之初，尚將程朱理學與理學名臣分而視之，在他看來，雖然理學名臣“有誠有偽”，但程朱理學卻完全正確。“經術之精微，必得宋儒參考而闡發之，然後聖人之微言大義，如揭日月而行也。”然而，隨著皇帝對宋儒諸書瞭解的日益全面，他發現，程朱理學對儒家經典的一些解釋和一些程朱理學著作中所闡發的思想，並不利於清朝統治的鞏固和加強。為此，繼懲治朋黨之後，皇帝對程朱理學的態度也發生了變化。如乾隆十九年（1754年）四月，他在殿試試題中即提出了道學流行後“大道愈晦”的看法。乾隆二十三年（1758年），又對胡安國生當宋、金對峙之際，傳釋《春秋》，多以“復仇”立說，進行了公開的批評，併發出了“曲說之離經，甚於曲學之泥經”的感慨。後來，乾脆又在科舉考試中廢棄胡安國的《春秋傳》：“嗣後《春秋》題，俱以《左傳》本事為文，參用《公羊》、《穀梁》。”對於朱熹《名臣言行錄》一書，雖然以其為朱熹所作，不能顯加指斥，但當發現已致仕的大理寺卿尹嘉銓步其後塵著《本朝名臣言行錄》時，皇帝即刻大發雷霆，掀起大獄。與此同時，皇帝對各起批評理學著作的文字獄案件的處理卻明顯放寬。乾隆二十年（1755年）以後，文字獄進入了高潮，但是對於批評程朱的著作，卻網開一面，很少予以處理，有時還對藉此興獄的官員嚴厲呵斥。所有這些，都表明了皇帝對於程朱理學的熱情顯著下降。由於失去了最高統治者的支援，程朱理學的黃金時期一去不復返，不可避免地進入了它的衰落階段。

在程朱理學遭到皇帝冷遇的同時，對於當時以整理和考據古典文獻為業的一些學者，卻表現出異乎尋常的熱情。其中首先引起皇帝關注的，是乾嘉學派的著名先驅、無錫學者顧棟高。顧棟高是康熙年間進士，雍正初年以建言放歸，從此絕意仕進，研治經史。他以和理學家完全不同的方法研究《春秋》，將二百四十二年的春秋時事分門別類，排列成表，著為《春秋大事表》一書，不但推動了《春秋》一書研究的深入，而且對於宋儒的《春秋》義例也是一個有力的批判。為了表彰他在經學研究中的突出貢獻，乾隆皇帝特授其為國子監司業，“以為績學之勸”。爾後，錢大昕、江永、戴震、楊昌霖等許多著名學者也先後引起了皇帝的注意，或者指定官員搜求其生平著作，或者由布衣特授官職。

皇帝所以對這些學者如此重視，既有政治上的考慮，又有學術上的原因。就學術原因而言，經過兩千多年的發展，中國古典文獻的積累達到了空前眾多的地步。其中訛脫衍誤、亡佚殘損的現象極為嚴重，亟需對其進行一番系統的清理和總結。乾隆時期，國家富庶，社會安定，這一時機逐漸成熟。正是基於上述諸多原因，這些學者才由所謂在野派轉化成為當權派，在學術上由原來各自為戰的散兵遊勇發展成為一個極有影響的學術派別——乾嘉學派。

為了促成這些學者政治地位的轉化和學術研究活動的開展，皇帝運用了科舉考試這個槓桿。在此之前，各種層次的科舉考試理學氣味極濃，對於以整理和考據古典文獻為業的學者來說，登上仕途極為不易。為了扭轉這種情況，乾隆十年（1745年），皇帝開始在殿試時務策時加上了經、史方面的內容；之後，隨著時間的推移，這一部分試題的比重愈來愈大。如乾隆十年殿試題雲：“五