丸得到鐵碎牙犬夜叉與戈薇來到父親的墓地與殺生丸發生戰鬥，但半妖的犬夜叉不敵全妖的殺生丸一直處於下風階段，後來因為戈薇的陰錯陽差讓犬夜叉得到了鐵碎牙，在犬夜叉得到鐵碎牙後殺生丸妖化成犬型，與犬夜叉發生了激戰。但殺生丸不敵擁有了鐵碎牙的犬夜叉並被犬夜叉使用鐵碎牙斬斷了手臂，被斬斷手臂後的殺生丸帶著重傷逃離了現場　。打敗殺生丸後的犬夜叉依舊覬覦四魂之玉，但由於戈薇在戰鬥中不慎將玉射碎，不得已兩人一起踏上了收集碎片的旅程。

在旅途中，兩人結識了失去父親的小狐妖七寶。七寶為了向雷獸兄弟飛天滿天報殺父之仇，前來偷取戈薇的四魂碎片。戈薇為了救七寶，結果被滿天抓走，犬夜叉和七寶找到了雷獸兄弟，經過了一番苦戰，犬夜叉終於戰勝了雷獸兄弟，救回了戈薇。小狐狸妖怪七寶也加入了戈薇和犬夜叉的隊伍，一起踏上了尋玉的旅途　。

後來女鬼裡陶盜走了桔梗的骨灰，想要用陶土讓桔梗復活，聽她的指揮，幫她尋找四魂之玉。在楓婆婆和戈薇他們一起準備討回桔梗的骨灰的時候，戈薇被裡陶劫持了。裡陶抽出戈薇的靈魂，讓桔梗復活了，沒想到桔梗並沒有聽裡陶的指揮，復活後的桔梗將裡陶殺死。在桔梗和犬夜叉見面的時候，雙方因為當初的誤會而發生戰鬥。在桔梗攻擊犬夜叉的時候，戈薇取回了自己的靈魂，使桔梗瞬間失去力量掉入山崖。犬夜叉因為桔梗復活後攻擊自己的事情而十分傷心，後來經過戈薇的安慰才讓他重新振作起來。

經過桔梗復活得事情，犬夜叉與戈薇，七寶繼續踏上了收集碎片的旅程。兩人在某個村子中見到了法師彌勒，彌勒告訴犬夜叉一行人自己的身世。原來彌勒的祖父曾經被妖怪奈落詛咒，右手上穿了個風穴，隨著風穴變大，自己也會被吸進去，這個風穴會一直代代傳下去，除非奈落死亡　。彌勒就是想透過收集四魂之玉來找出奈落並殺了他。犬夜叉也從彌勒處得知五十年前造成他和桔梗相互誤解的人就是奈落，於是加入了彌勒法師的戈薇一行開始了尋找四魂碎片以及奈落的征程　。

後來奈落設下詭計讓珊瑚的弟弟琥珀被奈落控制並射殺了父親和姐姐。而奈落使計讓珊瑚聽到村裡人被犬夜叉全部殺死。珊瑚信以為真，決定向犬夜叉報仇。後來珊瑚找到了犬夜叉便與犬夜叉發生了戰鬥，在戰鬥中戈薇揭穿了奈落的陰謀，讓珊瑚瞭解到事實　。珊瑚在知道真相後接受了犬夜叉一行人的邀請加入了尋找四魂之玉和消滅奈落的旅途，並將犬夜叉一行人帶到鐘乳洞穴，並且在這裡向大家說出四魂之玉的由來以及當年英勇對抗妖怪們的巫女翠子的故事。但奈落利用四魂的碎片延續了珊瑚弟弟琥珀的生命並將珊瑚引去，他用琥珀的生命來威脅珊瑚，要珊瑚把犬夜叉的鐵碎牙偷出來，愛護弟弟的珊瑚，無可奈何只得回到犬夜叉身邊偷偷得拿了鐵碎牙找到了奈落，本想殺了奈落，但是被琥珀所傷。此時犬夜叉及時趕到，戈薇的箭射穿了奈落的身體，奈落帶著琥珀逃離了現場。

在旅途中犬夜叉透過一系列的戰鬥學會了“破碎牙”的許多奧義並多次與奈落髮生戰鬥，但奈落十分狡猾多次使用詭計逃脫。後來犬夜叉一行來到白靈山與七人隊發生了戰鬥，在打敗了七人隊的首領蠻骨後突然地面下陷，犬夜叉等人分別被吸入了地下。後來奈落出現了犬夜叉打出風之傷，卻被奈落的妖氣操控不斷襲擊犬夜叉等人。戈薇用破魔之箭停住了風之傷並救了鋼牙。奈落向著桔梗而去，奈落來到了桔梗面前，為了證明奈落已經徹底拋棄了鬼蜘蛛的心，奈落打傷了桔梗並將其推下了瘴氣的深淵。殺生丸趕到，被殺生丸劈成幾塊的奈落又復活了，犬夜叉趕到，殺生丸告訴犬夜叉桔梗已經被奈落殺死了。犬夜叉接受不了桔梗的死悲痛欲絕，但為了替桔梗報仇並集齊四魂之玉犬夜叉與戈薇等人繼續踏上旅途。

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