足利尊氏之前的邀請返京，十一月二日，授予光明天皇神器。建武新政在僅僅兩年半後就宣告結束。

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七、室町開府

建武三年（1336年）十一月七日，足利尊氏公佈了《建武式目》的十七條，向天下宣佈幕府的復興，並展示了今後施政的基本方針。這一檔案不僅明確了幕府的政策方向，也為室町幕府的建立奠定了法律基礎。從建武三年（1336年）到建武四年（1337年），幕府的組織結構逐漸確立。足利尊氏在這段時間內被拜為權大納言，歷應元年（1338年）八月十一日，他正式就任徵夷大將軍，位階進入正二位，室町幕府正式成立。

在此期間，後醍醐天皇於建武三年（1336年）十二月二十一日秘密逃出京都，潛行至大和吉野，開設朝廷（史稱南朝），與足利尊氏擁立的京都朝廷（史稱北朝）對抗，日本的南北朝時代正式開始。後醍醐天皇呼籲全國討滅足利氏，派遣皇子、諸將在各地努力扶植收復京都的勢力。作為應對，足利尊氏任命一族為守護，配置於各國，特別是在關東、九州等前代以來的有力豪族擁有守護職的地方，設定了關東管領、九州探題，以對抗南朝勢力，形成了對日本的全面控制佈局。

兩軍的戰鬥在各地展開。北陸方面，新田義貞進入金崎城，與本據地上野、越後聯絡開始活動。重視事態的足利尊氏讓越前守護斯波高經、若狹守護斯波家兼兄弟負責對付新田義貞，並派執事高師直之弟高師泰作為後援。高師泰等在建武四年（1337年）三月攻陷金崎城，尊良親王自殺，恆良親王被捕。斯波軍在此後與新田軍激戰。歷應元年（1338年）閏七月的藤島之戰，新田義貞敗死，這對南朝方是一個極大的打擊。

奧州方面，北畠顯家受到足利軍的猛攻，不得不放棄多賀國府。建武四年（1337年）正月，他轉移到伊達郡的靈山，由於後醍醐天皇的命令再度踏上西上之途。同年八月，帶領十萬精銳出發。十二月，導致在鎌倉輔佐足利義詮的斯波家長敗死。歷應元年（1338年）一月，北畠顯家到達美濃。於是足利尊氏派遣高師冬防御顯家軍，高師冬的軍勢在同國青野原大敗。北畠顯家軍自此南進伊勢，經伊賀向奈良進發，準備進攻京都。對此，足利方的高師直率大軍南下，二月在般若坡擊破北畠顯家軍，連戰之末的五月，北畠顯家在和泉石津敗死。

北畠顯家、新田義貞的相繼陣亡，對南朝方來說是極大的打擊。後醍醐天皇為了挽回頹勢，採用再次派遣皇子到各地的策略。同年九月，懷良親王作為徵西大將軍下向西國，義良、宗良兩親王與北畠親房及其次子北畠顯信等下向東國。伊勢出航的義良親王一行，在途中遭遇暴風雨，義良親王（後村上天皇）被吹回伊ise，宗良親王漂至遠江國，只有北畠親房成功到達目的地常陸。進入常陸的北畠親房為爭取南朝的據點而奮鬥，不久由於關東執事高師冬的東下逐漸受到壓迫。康永二年（1343年）十一月，北畠親房含恨返回吉野。自此之後，後醍醐天皇在歷應二年（1339年）得病，八月十六日在吉野去世，義良親王即位，即後村上天皇。

足利尊氏接到後醍醐天皇駕崩的訊息後，十分感慨，立刻停止幕府的雜務七天，以表示哀悼之意。同年冬天，為了弔唁天皇的菩提，他在洛西之地建立了天龍寺。歷應四年（1341年）七月，天龍寺竣工時，足利尊氏與足利直義一起出席，親自負責著土。

八、觀應擾亂

觀應擾亂是室町幕府早期的一次重大內亂，發生在足利尊氏與足利直義兄弟之間。這場內亂不僅影響了幕府的穩定，還導致了南北朝之間的進一步對抗。

後醍醐天皇去世後，南朝逐漸喪失了勢力。貞和四年（1348年）正月，楠木正行在河內的四條畷敗死，後村上