義的勢力合流，擊破各地叛軍，陸續前進，十九日收復鎌倉。此即中先代之亂。

八月三十日，後醍醐天皇遙授足利尊氏從二位。十月，後醍醐天皇派藏人頭中院具光赴鎌倉，催促足利尊氏返京。足利尊氏有意回京，但被足利直義阻止，於是他拒絕奉詔，並在源賴朝舊址開置府治，自署徵夷將軍東國管領，對諸將進行賞賜，籠絡人心，甚至連北條氏的黨羽也爭相歸附他。足利尊氏欲借後醍醐天皇之手除掉新田義貞，乃奪新田氏在東國的地邑，全部分配給部下。足利直義也秘密移書四方，招集兵士，而京都公卿也“屢奏尊氏反狀”，後醍醐天皇只是派僧人惠鎮到鎌倉借宣旨之名打探情況而已。惠鎮尚未成行，足利尊氏請討新田義貞的上書就在十一月十八日傳至京都，將新田義貞比作趙高，自比章邯，導致京都震動。後醍醐天皇這才確認足利尊氏要反，遂派尊良親王、新田義貞等領兵討伐足利尊氏，並在十一月二十六日正式削奪足利尊氏官爵。

足利直義與諸將戎裝見足利尊氏，請求他出兵迎戰官軍。足利尊氏不願蒙受反叛之名，默然良久後，對足利直義等人說：“我以源氏之宗，承久已來，為北條氏所抑制，今日乃獲位二品。職忝閫寄，雖以微功，亦帝恩矣，義不可背。今者被譴，正以戕親王與招兵故也，而二者皆非我所為。陳情控訴，冀其弭疑；或不見聽，便當薙髮遁世以自明無罪耳。卿等善為身圖，我不敢彎弓向王師矣。”還沒說完，就“作色而起”，令足利直義等“相顧錯愕”。他遁入建長寺，欲剃髮為僧，在左右的勸阻下沒有馬上剃髮。其後，足利直義與諸將私下決定迎戰官軍，結果在十二月五日兵敗手越河原，新田義貞率軍追至伊豆。在此千鈞一髮的時刻，足利直義與上杉重能等偽造數十道綸旨，要求追捕足利尊氏兄弟，“以正朝憲”。足利直義將這些綸旨帶到建長寺，出示給足利尊氏，並慫恿道：“是手越之戰所獲。上意如此，公縱遁於桑門，恐不得免，願思門戶之計。”足利尊氏便奮然而起，說：“死生與汝俱！”馬上脫下僧服，穿上錦直垂，領兵出戰。十二月十一日，足利尊氏在竹下、足利直義在箱根山擊敗官軍，翌日戰於佐野山，大友貞載、鹽冶高貞倒戈投奔足利尊氏，官軍潰敗。十三日，又敗官軍於伊豆。足利尊氏遂率軍長驅西進。

建武三年（1336年，延元元年）正月，足利尊氏至近江國，攻陷伊岐洲城，在山崎擊破脅屋義助所率官軍。正月十一日，攻入京都。其後一個月，足利尊氏欲進攻後醍醐天皇所在的延歷寺，與脅屋義助、楠木正成等反覆拉鋸，戰局不利。赤松則村勸足利尊氏到九州募兵，再取京都。於是足利尊氏於二月十二日率兵渡海赴九州，二十日抵達大宰府之赤間關，期間十分狼狽，士兵兩千人溺死海中，接著又分遣諸將守備在本州的根據地，所以只有五百人與他相隨，受到當地豪族少貳賴尚的迎接。三月初二日，足利尊氏在多多良濱擊敗菊池武敏所率數萬官軍，在九州站穩腳跟。後醍醐天皇又派新田義貞西征足利尊氏，足利尊氏也決意東進，為師出有名，他請來持明院上皇（光嚴天皇）的院宣，從而造成“兩帝爭國”的局面。四月初三日，足利尊氏讓一色範氏等留在九州，率領少二、大友等九州勢力離開博多。途中與中國、四國勢力會合，兵分兩路，足利尊氏從海路率七千艘水師、足利直義取陸路率二十萬大軍向東進發。四月二十五日，在兵庫和田岬擊敗新田義貞軍，在湊川之戰全殲楠木正成的軍隊。後醍醐天皇在二十七日逃往比叡山。二十九日，足利直義的軍隊進入京都。足利尊氏也在六月十四日奉光嚴天皇及其皇弟豐仁親王進京。八月十五日，豐仁親王在沒有神器的情況下即位，是為光明天皇。之後兩軍持續交戰，由於名和長年等人的戰死，後醍醐天皇方面敗相畢露。後醍醐天皇命令新田義貞奉恆良、尊良兩親王前往北陸，自己則於十月十日按照