署理直隸總督兼北洋大臣。五月四日（6月22日），榮祿的大學士殿閣定為文淵閣，次日（6月23日）正式擔任直隸總督，同時兼任北洋通商大臣。這一系列任命使得榮祿在中央和地方都擁有極大的權力，為他在政變中的作用奠定了基礎。

關於榮祿在戊戌政變中的具體角色，傳統觀點認為他是透過袁世凱的告密而得知了維新派的計劃，並迅速採取行動，促使慈禧太后發動政變。然而，現代史學研究指出，這一說法並不準確。實際上，向榮祿告密的關鍵人物很可能是楊崇伊，而不是袁世凱。楊崇伊當時意圖投靠榮祿，以此獲取更高的地位。

在政變前夕，榮祿的確回到了京城，並與京城中的滿洲權貴如慶王奕匡等人策劃了此次行動。政變發生後，慈禧太后重新掌握了大權，維新派的主要成員如譚嗣同等六君子被處決，而支援改革的光緒帝則被軟禁。

榮祿本人對戊戌政變的看法可以從他給日本前首相伊藤博文的信中窺見一斑。他認為中國應該致力於增強軍事實力和財政狀況，從而實現國家的自強。然而，他也意識到改變舊有的制度和習俗並非一蹴而就的事情。在他看來，新政如同給虛弱的身體注射猛藥，雖然意圖良好，但卻可能加劇病情。

六、節制北洋

光緒二十四年（1898年）戊戌政變之後，榮祿在清廷的地位得到了鞏固，特別是在軍事方面。政變後不久，榮祿便被授予軍機大臣之職，並繼續節制北洋各軍。同年八月二十六日（10月11日），慈禧太后任命榮祿為練兵欽差大臣，賦予他節制宋慶、董福祥、聶士成、袁世凱等所部及北洋各軍的權力。這表明榮祿在軍隊中的影響力進一步擴大。

到了光緒二十五年（1899年）五月二十日（6月27日），榮祿成功組建了武衛軍，這支軍隊成為了清朝後期重要的軍事力量。隨後，他還組織了武衛先鋒軍和其他部隊，進一步加強了其在軍事上的地位。在這一時期，榮祿對於光緒帝的廢立問題，從最初的猶豫轉變為堅定的反對態度。這反映了榮祿在政局變動中的複雜立場。

同年十月十五日（11月17日），協辦大學士剛毅從廣東返回京城，並開始聯合其他勢力向榮祿施壓。剛毅指責榮祿信任的蘇元春，並試圖透過批評榮祿涉嫌貪腐來削弱其影響力。此外，剛毅還推動了對康有為和梁啟超等維新派人士的追責，導致慈禧罷免了廖壽恆的軍機大臣職位，取而代之的是趙舒翹。這一系列舉動動搖了榮祿所維持的政局平衡。

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與此同時，剛毅等人還試圖廢除京師大學堂，但遭到了榮祿的堅決反對。榮祿不僅維護了京師大學堂的存在，還提議增設武備學堂，並得到了批准，顯示出他在教育改革方面的積極態度。

到了光緒二十五年十二月七日（1900年1月7日），榮祿支援李鴻章離京前往兩廣總督任上，以避免捲入更為複雜的宮廷鬥爭。然而，十二月二十四日（1900年1月24日），清廷還是宣佈封載漪之子溥儁為皇子，即所謂的“大阿哥”，以應對廢黜光緒帝的壓力。

七、庚子之難

光緒二十六年（1900年），義和團運動在北京及其周邊地區迅速蔓延，這一事件最終演變成了庚子之難，即八國聯軍侵華戰爭。在這一歷史背景下，榮祿扮演了一個複雜而關鍵的角色。

隨著義和團運動的加劇，榮祿多次請求朝廷採取措施鎮壓義和團，並提出保護各國使館的建議。然而，隨著形勢的發展，榮祿採取了一種被稱為“明攻暗保”的策略。在圍攻使館的過程中，榮祿表面上參與了對使館的攻擊，但實際上卻向使館輸送食品，並幫助使館與外界保持通訊聯絡。這一策略反映了榮祿在危機時刻的審慎態度，以及他試圖在不同勢力之間尋求平衡的努力。

然而，