隨著戰局的惡化，慈禧太后攜光緒帝逃離北京，榮祿被命令留在北京處理事務。北京陷落後，榮祿暫時駐留在保定，並在慈禧的命令下，被任命為“會辦全權大臣”，參與與八國聯軍的談判。與此同時，李鴻章奏請讓榮祿返回“行在”，即慈禧太后避難的地方。這一舉動既是為了透過榮祿影響慈禧的決策，也是為了保護榮祿，使其免於進一步的政治風險。

閏八月十三日（10月6日），榮祿奉詔前往西安行在。在此期間，榮祿面臨著來自載漪、端王等人的排擠，這些人試圖阻止榮祿前往行在，以便繼續掌控朝政。然而，在東南督撫的幫助下，榮祿最終得以抵達行在。東南督撫們還試圖為武衛中軍圍攻使館的行為向列強進行辯護，希望減輕對榮祿的追究。

抵達西安後，榮祿重新掌握了樞密院的權力，但他的行動仍然受到慈禧太后的控制。榮祿在處理政務時傾向於保護載漪等人，這引起了李鴻章等督撫的不滿。在這種複雜的權力格局中，《辛丑條約》的談判逐漸展開，並最終達成協議。隨著剛毅、李鴻章等人的去世，以及主戰派貴族被圈禁，榮祿在晚清國勢衰頹之際達到了個人政治地位的頂峰。

八、壽終京第

光緒二十七年（1901年），庚子之亂後的中國處於動盪與變革之中。榮祿在這一時期繼續擔任重要職務，並積極參與國家大事。六月十日（7月25日），榮祿被任命為管理戶部事務的大臣，這意味著他在經濟和財政方面承擔起了更加重要的責任。

同年，榮祿支援了劉坤一和張之洞提出的“江楚會奏變法三折”中的變法主張。這一變法倡議旨在透過改革來振興國家，反映了當時一部分官員試圖透過現代化來挽救清朝統治的努力。榮祿的支援表明他在某種程度上認同變法的必要性。

十一月（1902年1月），隨著兩宮迴鑾，榮祿也隨扈自西安返回北京。在此期間，他被加封為太子少保銜，並轉任文華殿大學士。十二月二十四日（1902年2月2日），榮祿正式定為文華殿大學士，這標誌著他在朝廷中的地位進一步穩固。

光緒二十八年（1902年）七月十八日（8月31日），榮祿的女兒瓜爾佳·幼蘭與醇親王載灃結為夫妻，這一婚姻是慈禧太后的安排。幼蘭後來生下了宣統帝溥儀，這也使得榮祿與未來的皇帝有了親屬關係，進一步鞏固了他在朝廷中的地位。

然而，晚年的榮祿面臨著健康問題和個人生活的不幸。由於疾病纏身，他時常需要請假休養，無法像以前那樣積極參與朝政。庚子之亂後，武衛軍的慘敗，加上妻子和兒子的相繼去世，給榮祿帶來了巨大的精神打擊。這些個人悲劇使得他在處理政務時顯得更加疲憊不堪。

榮祿在晚年受到了不少批評。他的辦事效率低下，處理政務時往往拖延，且有任人唯親、貪汙受賄的嫌疑。這些行為不僅損害了他的個人聲譽，也讓人們對他的執政能力產生了質疑。這可能是導致他歷史形象不佳的原因之一。

光緒二十九年（1903年）三月十四日（4月11日），榮祿在北京家中逝世。他的遺折在去世當日被呈送給了朝廷。清廷在同一天追贈他為太傅，並賜予他“文忠”的諡號，晉封為一等男爵。

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