派典法判書李子松出使元朝，獻上從紅巾軍那裡繳獲的元朝玉璽和金寶等戰利品。然而，奇皇后一直對恭愍王殺害哥哥奇轍及其家族懷恨在心，再加上在元高麗人崔濡的慫恿，元順帝在至正二十二年（1362年）十二月宣佈廢黜恭愍王，另立恭愍王在元朝的堂叔德興君塔思帖木兒為高麗國王，元麗關係再度緊張。

紅巾軍敗走後，近臣金鏞嫉妒將領們的功勳，為了實現自己的野心，矯旨命安佑、金得培、李芳實三將殺死總兵官鄭世雲。恭愍王聽說此事後追究三人擅殺大將的責任，安佑第一個回到福州行在所，金鏞不等他解釋就把他殺死；其後李芳實、金得培相繼被殺，觀者無不哀悼。至正二十三年（1363年），恭愍王還都開京，於二月十二日駐駕開京郊外的興王寺。閏三月初一日拂曉，金守、曹連等50餘人闖入興王寺，欲弒恭愍王，宦官安都赤代恭愍王被殺，恭愍王則被另一宦官李剛達揹負至明德太后洪氏的住房。隨後崔瑩等平定這場政變，但恭愍王最器重的大臣洪彥博在這場政變中喪生。事後發現主謀為金鏞，恭愍王先是把他流放到密城（今韓國密陽），然後派人審問並處死他。經過四將被殺和興王寺之變後，恭愍王的親信大多死亡，金鏞死後，恭愍王甚至為之流淚，反覆嘆息道：“還有誰能依靠呢？”並下令不再追查金鏞同黨。

至正二十三年（1363年）五月，元順帝廢黜恭愍王的聖旨正式傳達到高麗，恭愍王又一次面臨重大危機，命令加強對元朝的防備，處死了被視為元朝內應的大臣朱思忠。至正二十四年（1364年）正月初一，崔濡率一萬元軍護送德興君跨過鴨綠江，先打了勝仗，佔領宣州（今朝鮮宣川），朝野震動。崔瑩和諸將分軍在獺川擊敗了元軍，並讓兵馬副使安柱向恭愍王報捷，恭愍王很高興，賞賜了安柱一匹馬兩錠銀。東寧路萬戶樸伯也大舉入寇延州，崔瑩派遣手下將領擊退元軍，元軍只剩十七騎而返。同年秋，孛羅帖木兒入元大都，奇皇后失勢，元廷才恢復了恭愍王的王位，並將崔濡移交高麗，恭愍王處死了他。恭愍王接著派金庾向元朝索要德興君，元朝以德興君有背疽為由暫緩移交事宜，直到元亡都沒有移送高麗。

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至正二十五年（1365年）二月，懷孕中的魯國公主病重，恭愍王下令赦免除了斬、絞二罪外的所有犯人，但公主還是於七天后不治身亡。這對恭愍王又是一個沉重打擊。經歷種種內外變故後，恭愍王日漸消沉，不再是初年銳意圖治的君主形象了。

四、任用辛旽

恭愍王王祺即位後，高麗內憂外患接踵而至。直到至正二十四年（1364年），高麗才稍微安定下來。然而，長期的戰亂和自然災害已經使高麗社會極度疲敝。張士誠派去高麗的使臣所見的情形是“鹿走荒宮亂寇過，雞鳴廢館行人次”，連首都開京都如此荒涼，整個高麗社會的狀況也就可想而知了。尹紹宗上疏指出：“國家自庚寅以來，東御倭寇；丙申以後，北御韃靼（元朝）。己亥辛丑之戰（抵禦紅巾軍），吾民死亡者大半；不三年，又有癸卯之亂（抵禦元軍），死亡又倍於辛丑矣。己亥以至於今十五年間，水旱相仍，餓莩相望，民之存者，僅十之一。”

在這段克服動亂的過程中，產生了280餘名功臣，賞賜了結田地和2635口奴婢。這導致了功臣勢力尤其是武人勢力的膨脹，王權則有所削弱；而地方上農莊盛行，國家控制力下降，這與恭愍王即位初年以來實行的改革初衷顯然背道而馳。此時，恭愍王已經厭倦了出身世家大族的大臣，認為他們盤根錯節，互相包庇，不可能支援他的改革；而“草野新進”和儒生則乳臭未乾，且喜歡結交權貴，也不可用。在此情況下，賤民出身的僧侶辛旽因“離世獨立之人”的身份而被恭愍王所相中。辛旽面對恭愍王要他掌握國