萬歲”。面對如此挑釁之舉，洪秀全再也無法忍受下去，於是密令正在前線作戰的韋昌輝返回京城執行誅殺任務。

7月26日（或29日），韋昌輝帶著三千精銳部隊悄悄進入天京，並迅速控制住了局勢。得到洪秀全正式批准後，他立即前往東王府展開行動，將楊秀清及其家人全部殺害。然而這場血腥清洗並沒有就此結束，韋昌輝利用機會擴大打擊範圍，不分青紅皂白地屠殺了上萬名無辜者，其中包括許多原本支援太平天國事業的文武官員和平民百姓。此舉直接導致了天京城內人心惶惶，連同石達開等重要將領也開始對韋昌輝的做法表示強烈不滿。

當石達開從外地趕回天京試圖調解時，反而激起了韋昌輝更大的殺心。為了避免自身及家人遭遇不測，石達開被迫逃離京城。而韋昌輝則變本加厲地追殺石達開親屬，並且公然威脅要包圍天王府強迫洪秀全交人。面對如此失控的局面，洪秀全不得不公開宣佈韋昌輝為叛徒，並號召全體軍民共同將其捉拿歸案。

由於此前韋昌輝的大規模屠殺已經徹底失去了民心，因此在他被宣佈為“北奸”之後，其勢力迅速土崩瓦解。9月27日（陰曆十月初五日，陽曆11月2日），藏匿多日的韋昌輝終於被捕，並被押送至天王府接受審判。最終，根據洪秀全的命令，韋昌輝遭受了極其殘酷的肢解處決，並將首級送往石達開處示眾。與此同時，參與此次事變的陳承鎔、秦日綱等200餘名“韋黨”成員也被一併處決，從而宣告了這場震驚內外的天京事變正式落幕。