。與此同時，北路的李鶴章、郭松林、劉銘傳攻克了無錫和金匱，程學啟與道員吳毓芬等攻克了浙江嘉興。淮軍一路推進至常州城下，李鴻章親自督軍攻打常州，於同治三年（1864年）四月破城，捕殺了太平天國護王陳坤書和佐王黃和錦。至此，蘇南地區的太平軍基本被肅清，清廷賞賜李鴻章騎都尉世職。攻克常州後，常勝軍解散，留下的洋槍隊和炮隊併入淮軍。

當時，湘軍久攻天京不下，清廷多次詔催李鴻章率淮軍前往會攻。考慮到與曾氏兄弟的關係，李鴻章擔心染指金陵會被認為搶功，進而得罪曾氏兄弟。因此，他在蘇、常兩地按兵不動，轉而南下攻入浙江，這一舉動惹惱了閩浙總督左宗棠，後者上奏朝廷，指責李鴻章“越境掠功”。五月十三日，李鴻章得知湘軍即將攻破天京城，又因朝廷不斷催促，遂派劉士奇炮隊及劉銘傳、潘鼎新、周盛波等二十七營會攻天京。十五日，曾國荃接到李鴻章的出兵諮札，激發眾將出擊。次日，湘軍攻克天京。事後，曾國藩對李鴻章表示感激：“愚兄弟薄面，賴子保全。”

太平天國失敗後，在處理湘淮軍的去留問題上，曾國藩與李鴻章採取了不同策略。曾國藩在攻下天京後不到一個月，即遣散了大部分湘軍，主要是為了避免功高震主，給自己帶來殺身之禍。而李鴻章則認為：“吾師暨鴻章當與兵事相始終，留湘淮勇以防剿江南北，俟大局布穩，仍可遠征他處。”他認為，當前的威脅來自內部叛亂，但長遠的威脅在於西方列強，因此主張保留湘淮軍，不僅用於平定內亂，更要抵禦外侮。

五、出擊捻軍

同治三年（1864年）十月，清廷命令曾國藩前往皖鄂交界地區，督軍防堵從湖北東下的太平軍扶王陳得才及捻軍。與此同時，李鴻章被任命前往江寧，暫時代理兩江總督的職務。這一時期，李鴻章負責協調地方軍務和民政事務，為曾國藩的軍事行動提供支援。

到了同治四年（1865年）四月，剿捻統帥博爾濟吉特·僧格林沁在山東菏澤全軍覆沒，清廷隨即任命曾國藩為欽差大臣，北上督師剿捻。李鴻章再次代理兩江總督，負責調兵、籌餉等後勤保障工作。同年八月，李鴻章奏請購置上海虹口洋人鐵廠的機器裝置，並將這些裝置與丁日昌、韓殿甲原有的兩個工廠合併，成立了江南製造總局，責成丁日昌負責監督籌劃。這一舉措不僅增強了淮軍的後勤保障能力，也為後來的洋務運動奠定了基礎。

由於湘軍大部分已被裁撤，曾國藩北上時主要依靠淮軍。曾國藩抵達前線後，採用了劉銘傳、李鴻章等人提出的“以有定之兵，制無定之寇”的方針，決定在安徽臨淮、河南周口、江蘇徐州、山東濟寧四鎮駐紮重兵，並實行一省有急、三省往援的機制。此外，曾國藩還在運河、黃海、沙河和賈魯河一帶設防，推行“畫河圈地”的戰術。

然而，由於捻軍作戰靈活多變，且勢力強大，曾國藩的防守策略一時難以見效。加上曾國藩對淮軍的指揮不夠順暢，導致一年多的時間內，剿捻成效甚微。因此，到了同治五年（1866年）十一月初一，清廷改命李鴻章為欽差大臣，接手剿捻事務。

李鴻章上任後，立即著手擴大淮軍規模。李昭慶所部擴充至19營，名為武毅軍，並新增了“魁”字2營、親兵1營和“鳳”字7營。此外，還借調了唐仁廉的3營馬隊。這樣一來，剿捻的總兵力達到了7萬人。

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當時，捻軍已分裂為兩支，賴文光、任柱等人率領東捻軍在中原地區作戰，而張宗禹、邱遠才等人則率捻軍進入陝西。李鴻章決定首先集中力量對付東捻軍。雖然他依然堅持“以靜制動”的戰略方針，但吸取了曾國藩分防過廣的教訓，改為“扼地兜剿”的戰術，即力圖將捻軍逼入山深水復的地方，放棄部分地域以