誘其深入，然後再由各省軍隊合力圍困。

在具體實施剿捻戰略的過程中，李鴻章主導的軍事行動大致經歷了三個階段，每個階段都有其獨特的背景和挑戰。

第一階段：臼口之圍（同治五年十一月至次年四月）

同治五年（1866年）十一月至次年四月，李鴻章實施了“臼口之圍”的戰略，主戰場在湖北。東捻軍突破了曾國藩原先設定的賈魯河—沙河防線，集結於湖北臼口一帶，兵力約十萬人。李鴻章迅速調動湘淮軍各部7萬餘人，分路進擊，意圖一舉殲滅東捻軍。

然而，在具體作戰過程中，淮軍遭遇了幾次重大挫折。同治五年十二月（1867年1月），淮軍“松”字營在安陸羅家集被捻軍擊敗，統領郭松林受傷。半個月後，“樹”字營在德安楊家河被捻軍殲滅，統領張樹珊陣亡。

同治六年（1867年）元月，雙方主力在安陸尹隆河展開決戰。湘淮軍兩大主力“霆”軍與“銘”軍原定同時發兵，但兩軍統領劉銘傳與鮑超互相輕視，劉銘傳為搶功而提前單獨進擊，結果遭捻軍痛擊，幾乎喪命。幸虧鮑超及時赴援，才反敗為勝，捻軍損失2萬餘人。事後，李鴻章偏袒劉銘傳，導致鮑超鬱憤成疾，所部“霆”軍32營大部被遣散，只留下唐仁廉重組“仁”字營，併入淮軍建制。

東捻軍在二月全殲湘軍彭毓橘部，並於四月突破了李鴻章設定的包圍圈，顯示出其靈活多變的戰術特點。

第二階段：膠萊河、運河防線（同治六年五月至十二月）

同治六年（1867年）五月至十二月，東捻軍在跳出包圍圈後，於五月突破運河防線，直趨山東半島。在劉銘傳、潘鼎新的建議下，李鴻章採取了“倒守運河”的策略，並在膠萊河兩岸增設了內層防線，調集淮軍、東軍、豫軍分段防守。

由於山東巡撫丁寶楨不願將轄地變成戰場，疏於防範，導致東捻軍在七月突破膠萊河防線。經過一番激烈的爭執後，李鴻章與丁寶楨重修舊好，協力將東捻軍堵御在黃海、運河、六塘河及大海之間的狹窄地帶，使其“以走制敵”的優勢無法發揮。

十月，東捻軍在蘇北贛榆的戰鬥中，任柱戰死，東捻軍在壽光一戰損失3萬餘精銳。十二月，賴文光率殘部突破六塘河，南走到揚州被捕殺。東捻軍覆滅後，李鴻章因功被賞加騎都尉世職。

第三階段：直東戰場與西捻軍交戰（同治七年上半年）

同治七年（1868年）上半年，當東捻軍陷入困境時，西捻軍緊急馳援，進軍直隸威脅京畿，迫使清軍回救。元月，西捻軍抵達保定，清廷震動，急調李鴻章、左宗棠及直、魯、豫、皖各督撫率軍北上勤王。

當時，李鴻章正駐軍濟寧度歲，分派諸將北援，卻無人應命，淮軍幾乎瓦解。李鴻章因此受到嚴厲處分，包括拔去雙眼花翎、褫去黃馬褂、革去騎都尉。儘管如此，李鴻章仍然耐心說服潘鼎新等將領遵旨北上。同時，清廷命恭親王愛新覺羅·奕?節制各路大軍，並協調左宗棠與李鴻章的關係。

在清軍的協力堵截下，張宗禹率領的西捻軍於二三月間在直魯邊境徘徊。四月二十九日，李鴻章與左宗棠在德州桑園會面，議定了“就地圈圍”的策略，引運河水入減河，引黃河水入運河，命淮軍、東軍、皖軍分段駐守，並調湘淮軍精銳作為追剿的“遊擊之師”。

六月初，西捻軍與湘淮軍數次接戰，迭遭慘敗。六月中旬，張宗禹率部在德州一帶數度搶渡運河未果，適逢黃、運、徒駭各河水位上漲，處境更加困難。六月二十八日，在轉移途中，西捻軍與淮軍主力劉銘傳、郭松林、潘鼎新部遭遇，一場激戰後，西捻軍傷亡殆盡，張宗禹等二十餘人突圍至徒駭河邊，不知所終。

早在同治六年（1867年），朝廷已授李鴻章為湖廣總督