承疇被迫放棄救援錦州的計劃，率部突圍。皇太極命阿濟格、多爾袞分率兩翼騎兵前往塔山堵截，明軍大敗。

然而，在這段時間裡，阿濟格曾抱怨勞苦，在所屬部下換班返回盛京時，他當眾聲稱：“我怎得逃回，與爾同行？”又在宸妃海蘭珠喪事期間唱歌跳舞，因此得罪了皇太極。

崇德七年（1642年）二月，阿濟格圍攻杏山，又攻打寧遠。吳三桂率四千人駐守塔山、高橋，不戰而退，阿濟格大敗吳三桂。松錦之戰結束後論功行賞時，阿濟格沒有獲得他認為應有的封賞，對此十分不滿。因此，在皇太極在篤恭殿舉行的慶功宴上，他沒等到頒賞就離開了。同年十月，諸王大臣追究阿濟格過往的種種罪行，指責他“不以國事為心，有抗上之意”，要求褫奪王爵、查抄家產並予以拘禁。皇太極最終只罰了他一萬兩銀子。

崇德八年（1643年）八月，皇太極去世，諸王爭位，最終妥協的結果是立六歲的福臨為帝，即順治帝。阿濟格雖然沒有像其弟多爾袞那樣參與爭位，但對“立幼”十分不滿，藉口病重，不參加皇太極的葬禮。在多爾袞的勸告下，他才勉強參加了斂之會。同年九月下旬，阿濟格隨濟爾哈朗攻打寧遠等關外四城。九月二十四日，他們攻克了中後所，九月二十九日抵達前屯衛，於十月初一日攻克該城。多爾袞攝政後，與多鐸交換了旗幟，阿濟格也被轉入多鐸旗下的鑲白旗。

四、征戰中原

順治元年（1644年），隨著山海關之戰的勝利，清軍正式進入中原，阿濟格跟從攝政王多爾袞在山海關之戰中大敗李自成的大順軍。同年十月，順治帝在北京登基，封阿濟格為和碩英親王，序稱“八王”。隨後，他被任命為靖遠大將軍，率領平西王吳三桂、智順王尚可喜等滿、蒙、漢軍共約3萬餘人，從山西進入陝西，追擊李自成。

順治二年（1645年）二月，阿濟格在陝西境內取得了連續八次的勝利，攻克了四座城池，並迫使三十八座城池投降。李自成親自率領大軍十三萬和湖廣四府所屬各州縣原設守軍七萬，聲言欲取南京，水陸並進。阿濟格率水陸兩軍緊隨其後，追擊於鄧州、承天府、德安府、武昌、富池口、桑家口、九江等處，十三戰皆大捷。在追擊過程中，阿濟格對投降者採取安撫政策，對抵抗者則加以誅殺，窮追至李自成的老營，連續攻破，李自成僅帶著二十名步兵逃脫，最終竄入九宮山。阿濟格俘獲了趙侯左光先、軍師宋獻策等，並斬殺了李自成的兩位叔父及汝侯劉宗敏。

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明寧南侯左良玉的兒子左夢庚逮捕了總督袁繼鹹、守道李猶龍、巡撫黃澍，率12名總兵、十萬馬步兵及十萬艘船隻投降。清軍相繼佔領了河南、湖廣、江西、江南的63座城池。清廷得知後，派遣使者攜帶詔書慰問阿濟格，並命令他班師回朝。但在詔書尚未到達之前，阿濟格就已經提前班師，於八月四日回到京城。多爾袞開始清算阿濟格的過錯，包括未經詔令班師、謊報李自成死亡、在午門張蓋坐、脅迫宣府巡撫李鑑釋放被逮捕問罪的赤城道朱壽鍪、擅自取用鄂爾多斯和土默特的馬匹以及稱順治帝為“孺子”等。阿濟格因此被貶為英郡王，但不久之後又恢復了親王的爵位。

順治五年（1648年）七月，阿濟格被封為平西將軍，出兵鎮壓天津、山東曹縣一帶的抗清隊伍。十一月，喀爾喀二楚呼爾行獵接近邊界，阿濟格奉命出駐大同。十二月，大同總兵姜鑲得知清軍即將到達，產生了疑慮，於是倒戈反清，總督耿焞逃往陽和，附近十二座城池響應姜鑲起兵反叛。阿濟格聞變，星夜馳往大同圍困該城，順治帝任命阿濟格為平西大將軍，率都統巴顏等會徵姜鑲。

順治六年（1649年）正月，姜鑲的部將劉遷進犯代州，佔據了外城，章京愛松古、遊