吳三桂病逝，其孫吳世璠繼承其位，但叛軍計程車氣已經大大受損。

在接下來的幾年裡，蔡毓榮繼續指揮清軍作戰，逐步收復失地。康熙十九年（1680年），他率軍攻克辰州、沅州等地，並恢復了瀘溪、漵浦、麻陽等多個縣。到了康熙二十年（1681年），蔡毓榮跟隨大將軍彰泰進軍雲南，最終於當年三月攻下了昆明，迫使吳世璠自殺，宣告了三藩之亂的徹底結束。

三、經營雲南

康熙二十一年（1682年）六月，蔡毓榮被調任為雲貴總督，肩負起了治理雲南和貴州兩省的重任。此時的雲南，經歷了三藩之亂後，社會秩序混亂，民生凋敝，亟需一位有能力的領導者來恢復秩序，推動地方發展。

蔡毓榮深知雲南的重要性，上任伊始便著手製定了一系列治理措施。他首先上書朝廷，請求增加駐軍兵力，指出雲貴兩省均為險要邊疆之地，尤其是在新復之初，原有的四千督標兵不足以維護地方穩定，因此請求增兵一千，分為五營。他還提出對吳三桂在叛亂期間增設的十個鎮進行改革，建議改為六個鎮，分別在迤西和迤東地區設定，並明確每個鎮的管轄範圍。此外，他還注意到中甸地區在金沙江之外，原屬麗江土府管轄，但被吳三桂割讓給了蒙番。蔡毓榮建議恢復該地的原狀，以便更好地管理當地的商業往來。

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同年十月，蔡毓榮再次向朝廷呈遞了一份詳細的治理計劃，這份計劃被稱為《籌滇十議疏》。他從十個方面提出了具體的措施：

蠲荒賦：雲南地區經歷了長達八年的叛亂，土地荒蕪，人口銳減。蔡毓榮建議免除所有荒地的賦稅，並鼓勵民眾前來開墾。他認為，只有透過減免賦稅，吸引人們迴歸耕作，才能逐漸恢復土地的生產力。

制土夷：吳三桂曾濫授土司高官厚爵，蔡毓榮提議重新審查這些任命，並恢復那些因支援清廷而被剝奪職位的土司。對於那些在叛亂初期投誠的土司，可以暫時保留他們的官銜，但在未來應當按照正規程式重新任命。

靖逋逃：許多吳三桂的舊部在叛亂失敗後逃散各地，蔡毓榮建議透過提供豐厚的賞金鼓勵逃亡人員自首，並對隱瞞逃犯的行為進行嚴懲。對於抓獲的逃犯，可以根據情況給予適當的寬恕，以鼓勵更多人主動歸案。

理財源：雲南的財政狀況不容樂觀，蔡毓榮提議透過開採金銀礦產增加收入，並在省會及周邊城市設立鑄幣廠。他還建議出售前沐王府和叛逆者的財產，所得款項用於支援地方建設。

酌安插：對於那些曾經追隨吳三桂但並未直接參與叛亂的人，蔡毓榮建議給予他們適當的安置，避免不必要的遷徙造成社會動盪。

收軍仗：為防止私藏武器引發新的動亂，蔡毓榮下令嚴格控制武器的製造和流通，禁止任何私人擁有武器，並加強對土司和民眾的監管。

勸捐輸：鑑於雲南地區民眾普遍缺乏儲蓄，蔡毓榮建議允許民眾透過捐款來獲得官職，以籌集資金用於救濟災民。

弭野盜：雲南山區存在大量盜匪，蔡毓榮提議加強地方武裝力量，並在交通要道設立哨卡，防止盜匪活動擾亂社會秩序。

敦實政：蔡毓榮強調，戰後重建的重點在於恢復農業生產，增加糧食儲備，同時提倡節儉，減少不必要的開支。他還提出要改善教育條件，加強保甲制度，促進商業發展。

舉廢墜：對於在戰亂中遭到破壞的學校和其他公共設施，蔡毓榮建議儘快修復，並確保地方稅賦公平合理，減輕民眾負擔。

蔡毓榮的這些建議得到了朝廷的高度認可，並被採納實施。

四、因罪罷官

蔡毓榮在平定三藩之亂中立下了汗馬功勞，然而，他在晚年卻因個人行為不當而遭遇了嚴重的挫折。康熙二十二年（1683年），