一、會剿湖北教匪

嘉慶元年（1796年），正值白蓮教起義在湖北等地風起雲湧之際，朝廷下令恆瑞率領三千駐防兵，與都統永保共同會剿湖北境內的教匪。三月，恆瑞與總兵文圖合力，在竹山地區重創了叛軍。隨著永保的到來，兩軍匯合後，由房縣出發，向叛軍展開了更加猛烈的攻勢。與此同時，文圖則負責清剿三里坪、喇叭洞一帶的殘餘叛軍力量，確保了這些區域的安全。

恆瑞則率部追擊逃竄的叛軍至保康，但由於種種原因，並未能給予叛軍致命打擊。此時，叛軍頭目姚之富佔據襄陽，其勢力已經達到了鼎盛時期，嚴重威脅到了當地的治安和社會穩定。鑑於此，朝廷命令恆瑞全力進剿姚之富及其部眾。

五月，恆瑞與明亮合作，軍隊推進到了呂堰地區。在此期間，他們連續在岳家溝、劉家集等地與叛軍交戰，共擒獲並斬殺了兩千餘名叛軍。隨後，叛軍包圍了棗陽，恆瑞設下埋伏，在王家岡引誘叛軍進入伏擊圈，並一舉擊敗了敵人。緊接著，在蔣家壋、曲家灣兩地，恆瑞再次重創叛軍，從而解除了棗陽的危機。

然而，狡猾的叛軍假裝投降，試圖從背後偷襲官軍。恆瑞立即調整戰術，將後方部隊調至前方，有效地擊退了叛軍的進攻。隨後，叛軍逃往丫兒山，與駐紮在張家壋的叛軍相互呼應，形成犄角之勢。面對這一局面，恆瑞組織了一晝夜的激戰，最終突破了叛軍的防線，攻破了十多個敵營，大量消滅了叛軍，因此受到了朝廷的表彰。

到了七月，恆瑞在隨州龍門山再次擊敗叛軍，並與永保聯手攻打鐘祥的叛軍巢穴。連續攻克了鄧家河、黑沙河、雙溝等地，迫使叛軍分散逃竄。叛軍一部分逃向了唐縣、呂堰，恆瑞窮追不捨，追至滹沱鎮時，叛軍又逃往了倉臺。不久後，姚之富越過滾河，包圍了鄧州的景安。面對這一情況，朝廷嚴厲斥責了各路將領的怠慢，並逮捕了永保，同時要求恆瑞戴罪立功，以挽回局勢。

二、西北破賊

嘉慶二年（1797年），恆瑞被派往西北，與惠齡等將領共同鎮壓襄陽地區的叛軍。正月，恆瑞與惠齡聯合行動，成功捕獲了叛軍首領劉起榮。隨後，他又與慶成在鄭家河擊敗叛軍，並抓獲了叛軍頭目李潮。在泰山寺和龍鳳溝的戰鬥中，恆瑞再次取得勝利，捉拿了叛軍首領姚爽等多人。由於這一系列的勝利，朝廷賜予了他花翎以示獎勵。

然而，叛軍並未因此完全潰敗，反而分散逃竄。部分叛軍由河南進入陝西，恆瑞緊隨其後，追擊至山陽。在那裡，他遇到了叛軍首領王廷詔和李全，並將其擊退。到了五月，恆瑞繼續追擊叛軍至陝南，並在黃龍壋與惠齡聯手發動夾擊，殲滅了三千多名叛軍。但是，王廷詔和李全再次與其他叛軍頭目姚之富匯合，共同向紫陽方向移動，併成功渡過了漢江。由於恆瑞未能有效阻止叛軍的轉移，他被剝奪了此前獲得的花翎。

隨著叛軍的進一步擴散，他們開始分路進入四川。其中，王廷詔等人竄入了開縣、雲陽和萬縣，威脅到了夔州，並與大寧的叛軍形成了呼應之勢。恆瑞率軍追趕，連續擊敗了叛軍，迫使他們逃向太平地區。

到了八月，當陽一帶的逃逸叛軍開始掠奪白河和洵陽地區。為了遏制叛軍的活動，朝廷命令恆瑞迅速前往興安進行阻截。在興安，恆瑞與慶成在張家灘對叛軍發起了攻擊，並透過牛泛嶺繞到了叛軍前面，奪取了叛軍的九個營地。王廷詔等人逃往紫陽，恆瑞與惠齡再次聯手，成功擊退了叛軍。隨後，恆瑞率領軍隊返回漢中，先後在西鄉和褒城黃沙鋪擊敗了叛軍。

十一月，叛軍首領姚之富等人向西逃跑，意圖渡過漢江，向北逃竄。叛軍的行蹤轉向寧、沔地區。在此期間，恆瑞的軍隊在桑樹灣與叛軍首領高均德遭遇。恆瑞制定了一個四面包圍的計劃，並且命令撒拉爾回兵，偽裝成鄉勇