最重要的目的之一，就是安置湘軍水師的“有功員弁”。

湘軍和太平軍的戰鬥，基本上都發生在長江流域。長江成為雙方彼此攻伐的最重要的戰略通道，誰能控制長江水道，誰就能取得戰略優勢，並最終獲得戰爭的勝利。在某種意義上，在湘軍和太平軍的戰爭中，水師比陸師更加重要。

負責組建、管領水師的彭玉麟，一直在曾國藩麾下作戰，卻最終和曾國藩齊名，原因就在這裡。

在這個大背景下，湘軍水師迅速成長壯大起來。當時。整個長江水道，由西到東。由南至北，官軍戰船，無不懸掛湘軍旗幟。

這個情況，終於引起了某些滿洲親貴的不安。官文就曾上折，建議朝廷，在綠營的編制底下，設立經略長江水道的“水師專營”，以替代湘軍水師。

這自然是行不通的。綠營如果堪用，哪裡會出來“湘軍”這樣東東？

官文沒有想到的是，他的奏摺，不但讓曾國藩警惕起來：必須未雨綢繆了；同時，也給了曾國藩對應的靈感。

不久之後，曾國藩奏請設立“長江水師”。表面上，他好像在附和官文的建議，內裡卻剛好相反：官文是想另行組建一支水師來取代湘軍水師，曾國藩卻聲稱“利器不宜浪拋，勁旅不宜裁撤”，新組建的長江水師，應以湘軍水師為班底。

其實就是湘軍水師換塊牌子罷了。

新組建的“長江水師”，是朝廷的“經制”部隊，就是說，打完了仗，也不必裁撤的。

這樣，戰爭結束後，湘軍水師的“有功員弁”就有地方安置了。

為了保證這個目的之達成，曾國藩、彭玉麟擬的長江水師將弁任用制度，近乎荒唐：長江水師的副將、參將、遊擊出缺，其中七成，要從長江水師將弁中題補，剩餘三成，才由兵部選派。都司以下出缺，則全部由長江水師提督從長江水師人員中遴選。

前文提到，長江水師提督獨立於沿江各省督撫，並和“本境督撫”一起，對長江水師各職官實施“雙重領導”——這樣，名義上就對朝廷有了交代：長江水師還是朝廷的“經制之師”嘛。可是，實際操作上，“本境督撫”的“領導”是虛的，只有長江水師提督的“領導”是實打實的。

這其實也出於曾國藩、彭玉麟的精心設計，以保證長江水師的獨立性，使外來之人，無法進入長江水師，分薄湘軍的缺分。

就是說，基本上，曾國藩、彭玉麟把長江水師搞成了湘軍的“獨立王國”，針插不進，水潑不入。

不過，這個“獨立王國”，卻是合法的。因為，所有的定規、制度、章程，都經過了“御準”。

總之，彼時的曾國藩，一言九鼎，說啥是啥，兩宮皇太后和諸位樞府大佬，心裡邊再怎麼有想法，明面上也不會駁的。

洪楊平定之後，湘軍做大比例裁撤必不可免，其他什麼因素都不考慮，單單從經濟上來說，農業社會的生產力，不可能長時間按戰爭時期的標準供養龐大的軍隊。陸師的裁撤，曾國藩十分大方，到如今大約只剩不足五分之一了；可是這支長江水師，從頭到尾，毛都沒有動過一根。

軒輊輕重，可以想見。

這支長江水師，曾國藩、彭玉麟都是要一力維護的，只是具體的方式大不一樣：

曾國藩自奉甚簡，對下屬卻是極厚，兼之功成之後，衝退謙抑，持盈保泰，愈來愈不喜多事，黃翼升又是他的“私人”，所以，對長江水師的種種弊端，睜一隻眼閉一隻眼，甚至裝作啥都沒有看見。

彭玉麟的性格，剛直清介，卻不能容忍黃翼升之流肆意敗壞自己手創的勁旅。且他認為，黃翼升等人這麼瞎搞，實是售人話柄，自毀長城，若不予以徹底整頓，外界的壓力會愈來愈大，遲早壓垮這支自己費了無數心血的水師。