東林書院講學，吸引了眾多朝臣的注意，他們紛紛與之交往。當李三才遭受攻擊時，顧憲成致信葉向高和孫丕揚，為李三才辯護。然而，當劉國縉和喬應甲在萬曆三十九年（1611年）的京官考核中受到處分，他們的同黨群情激憤，朝中局勢一度緊張。葉向高在這一關鍵時刻，堅持公正處理，防止了考核官吏大典的混亂，但黨爭的火苗並未因此熄滅，反而在後續幾年中愈演愈烈，最終形成了齊、楚、浙三大派系對東林黨的猛烈攻擊。

葉向高在處理黨爭的過程中，雖盡力維護朝堂秩序，但隨著個人健康狀況的惡化，他意識到自己已無法有效控制局勢。在多次上書請求辭職後，萬曆四十二年（1614年），神宗終於同意了他的請求。葉向高在內閣期間，因其卓越的政績，被晉升為太子太保、文淵閣大學士，後又因延綏戰功加封少保兼太子太保，改任戶部尚書，晉武英殿大學士。在其離職之際，神宗對其功勳予以高度評價，加封少師兼太子太師，賞賜豐厚，派遣專人護送其回鄉。

葉向高的離任，標誌著一個時代的結束，也是晚明政治衰落的縮影。儘管他力圖調和黨爭，但在專制皇權和複雜政治環境下，個人的力量終究有限。

六、二度為相

葉向高在第一次辭官歸鄉六年後，迎來了他政治生涯中的第二次高峰。明光宗即位後，鑑於葉向高在朝堂上的威望和經驗，特別下詔將其召回，希望藉助他的力量穩定政局。不久，明熹宗繼位，再次詔令葉向高回朝，面對皇室的殷切期待，葉向高雖多次推辭，但終未能拒絕，於天啟元年（1621年）重返朝廷，再次擔任內閣首輔，授中極殿大學士。

葉向高二度為相，正值國家處於內憂外患的邊緣。他深知自己肩上的重任，因此在復出伊始便向熹宗提出了一系列建議，強調在處理朝政時應遵循程式，所有決策均需經過內閣審議。葉向高希望藉此恢復君臣間的正常溝通，減少決策過程中的主觀臆斷。熹宗對葉向高的建議表示贊同，不久後採納了他的請求，撥發帑銀二百萬兩以支援邊防軍需，這在一定程度上緩解了國家的軍事壓力。

熹宗即位初期，朝中聚集了一批賢能之士，民眾對國家治理抱有樂觀期待。然而，年輕皇帝缺乏經驗，難以分辨忠奸，給了魏忠賢、客氏等佞臣以可乘之機。魏忠賢逐漸掌握了朝政大權，先是暗害了太監王安，隨後又排擠了吏部尚書周嘉謨、言官倪思輝等忠良，甚至連大學士劉一燝也被迫離職。葉向高眼見朝堂局勢急轉直下，意識到國家正滑向深淵。

在魏忠賢的操控下，朝中異己被一一清除，葉向高深知自己已成為魏忠賢的眼中釘。他上疏指出客氏頻繁出入宮廷，甚至凌駕於顧命大臣之上，暗示朝中正滋生著一種不良傾向，需要警惕。然而，葉向高的直言不諱反而加深了魏忠賢對他的忌恨。隨著刑部尚書王紀遭貶、禮部尚書孫慎行和都御史鄒元標相繼被迫離職，葉向高意識到朝堂上已無公正可言，於是請求與鄒元標一同離職，以示抗議。熹宗未批准葉向高的請辭，但這並未緩解魏忠賢對他的敵意，反而加速了兩者之間的矛盾升級。

七、對抗宦官

葉向高在天啟年間再次出任首輔，面對的是一個未成年的皇帝和日益囂張的宦官集團。儘管不能如同神宗時期那般直言無忌，但葉向高依然在諸多關鍵節點上發揮了重要作用，試圖在宦官專權的陰影下維護朝綱與正義。

在一系列針對正直官員的打擊中，葉向高屢次站出來為他們辯護。例如，給事中章允儒因請求減少上供袍服而觸怒了宦官，面臨廷杖的嚴厲懲罰。葉向高兩次上疏求情，最終使章允儒僅被剝奪一年俸祿，避免了肉體上的傷害。御史率眾指責宮廷事務，同樣遭到宦官報復，準備被外放，也是葉向高的干預使他免於被貶。給事中傅魁在營救王紀時，險些被貶謫流放